在企业内部推行阿米巴经营模式的体系，都会遭遇到这样的一个问题，把销售部门和生产部门分成独立阿米巴，独立营销。他们两者是对接关系，生产部门的产品交给销售部门去营销，这里就涉及到一个营销利润的问题。
为了有效解决这个问题，京瓷内部设置了佣金制，所谓的佣金制，就是如果销售部门努力提高销售额，就可以获得10%的手续费，所以销售部门很容易就接受了客户的降价的要求，但是这个问题回到了生产部，那就又成为了一个问题，生产部门是如何不能接受这个价格来生产产品，这个矛盾依然存在，有损公司的道德观念和利益问题，这个就又涉及到了一个哲学共有的问题。
但是我们都知道人的素养不同，学习能力各异，这就产生对哲学理念接受程度不一，两者无法达到一致，因此这个问题就要诉诸更高一级的阿米巴长来解决这个问题，而且这个阿米巴长必须是能得到双方的认可并成为具备威信力，倾听两者之间的问题，做出公平的裁定，并使双方能接受并服从。冲突是存在的，我们要正视他的存在，并对此找出做好的解决办法，让消失于无形当中，这才是阿米巴经营模式哲学存在的意义。
