阿米巴经营的推行应坚持一把手工程。“一把手”工程，是指推行阿米巴经营的企业要根据阿米巴单元最高长官，即“巴长”的意志进行经营活动，整个企业是一个最大的阿米巴，因此企业最高领导人首当其冲。
首先，阿米巴经营以哲学为基础，而企业经营哲学的核心就是企业家经营哲学，“哲学共有”就是要将企业最高领导人的思想贯彻到每一位员工，哲学共有要求必须是“一把手”工程，通过阿米巴经营来培养与企业家理念一致的人才。
为了让“一把手工程”能够有效地推动企业发展，以企业最高领导人为首的阿米巴巴长，必须时刻不忘以下“三大纪律”，并以此为行动指南：
第一大纪律：言行一致。在贯彻经营哲学的时候，如果经营者为大家阐述“利他”、“敬天爱人”的时候自己却做不到，也就没有资格要求员工去做到。
第二大纪律：以身作则。在贯彻哲学的时候，只有经营者以身作则，从自己做起，员工才会看到并且相信。
第三大纪律：表里如一。最重要的是要把自己内心的真实想法传递给员工，不能表面上对下属“很满意”，背后“玩阴的”。
其次，“一把手工程”并不是要求大事小事都得老总亲自抓，而是以掌舵人的角色出现，牢牢把握住大方向。
企业各部门应各司其职、各尽其责。在日企里面，通常有一个叫做经营管理部的部门，经营管理部长被称为老板的“左脑”，他是老板最重要的经营替身之一，职责是让企业获取当下经营的最大化利润，也是推行阿米巴经营的负责人，在阿米巴经营的具体推进过程中替代企业最高领导人来担当具体工作的展开。
